La toponomie de cette commune du nom de la sainte Anne.
L’ancienneté de la présence humaine sur le territoire de la commune de Saint-Agnet est attestée, notamment par la découverte en 1984 d’un tumulus protohistorique au lieu-dit Pascal, d’un camp romain au lieu-dit Segos et par la mise au jour d’un oppidum des Tarusates.
Les documents dont nous disposons rapportent un certain nombre de faits. En 1315, des privilèges sont accordés par le roi d’Angleterre à Saint-Agnet, en contre-partie desquels des personnes viennent habiter le village. En 1757, des rivalités naissent entre les jurats et la noblesse représentée par le baron de Cloche. Celui-ci demande la diminution des taxes sur les biens nobles. En 1762, sa requête est refusée.